請求書や領収書をメール添付やクラウドサービス経由でやり取りする機会が増える中、経理・総務部門では電子帳簿保存法への対応が避けられない課題になっている。特に電子取引データの保存義務化は、紙に出力して保存する従来の運用が原則として認められなくなった点で実務への影響が大きく、社内規程の整備が追いついていない企業も見受けられる。本記事では、電子帳簿保存法の3区分の違い、電子取引データ保存の義務内容、真実性・検索性の確保要件、社内規程整備の実務手順を整理する。経理担当者、情報システム部門、バックオフィスの管理職を主な読者として想定している。
電子帳簿保存法の3区分と対象の違い
電子帳簿保存法は、大きく分けて次の3つの区分から構成されている。
- 電子帳簿等保存：会計ソフト等で最初から一貫して電子的に作成した帳簿・書類を、電子データのまま保存する制度（任意適用）
- スキャナ保存：紙で受け取った、または紙で作成した書類を、スキャナ等で読み取った電子データとして保存する制度（任意適用）
- 電子取引データ保存：電子的に授受した取引情報（見積書・注文書・請求書・領収書等に相当するデータ）を、電子データのまま保存する制度（義務適用）
このうち電子帳簿等保存とスキャナ保存は、要件を満たせば電子データでの保存を選択できるという性質のものであり、紙のまま保存する運用を続けても直ちに法令違反になるものではないとされる。これに対して電子取引データ保存は、電子的に受領した取引情報を紙に出力して保存する代替的な取扱いが、令和5年度税制改正を経て原則として認められなくなった点が実務上の大きな転換点である。
電子取引データ保存の義務化が及ぶ範囲
電子取引データ保存の義務化対象となるのは、注文書、契約書、送り状、領収書、見積書、請求書等に相当する情報を、電子的な方法でやり取りした場合のその取引情報である。具体的には次のようなケースが該当し得る。
- 取引先からメールに添付されたPDFの請求書を受領した場合
- クラウド上の請求書発行システムやEDIを通じて請求データをやり取りした場合
- ウェブ上の通販サイトで備品を購入し、領収書がサイト上に電子データとして発行された場合
- クレジットカードの利用明細やETCの利用証明をウェブサイトからダウンロードして経費精算に利用する場合
一方で、紙で受領した請求書をそのままファイリングして保存する場合には、電子取引データ保存の義務化は関係せず、スキャナ保存を選択しない限り紙のまま保存する運用で足りるとされる。自社が受発注のどの部分を電子化しているかを取引先ごと・部門ごとに棚卸しすることが、対応の出発点になる。
真実性の確保要件
電子取引データ保存では、保存したデータが改ざんされていないことを担保するための「真実性の確保」要件を満たす必要がある。代表的な対応方法として、次のいずれかを選択することになる。
- タイムスタンプが付された後の取引情報を受け取る
- 取引情報の授受後、速やかに（またはその業務の処理に係る通常の期間を経過した後、速やかに）タイムスタンプを付すとともに、保存を行う者等に関する情報を確認できるようにしておく
- 記録事項の訂正・削除を行った場合に、その事実および内容を確認できるシステム、または訂正・削除ができないシステムで取引情報の授受および保存を行う
- 正当な理由がない訂正・削除の防止に関する事務処理規程を定め、その規程に沿った運用を行う
このうち4番目の事務処理規程による対応は、新たなシステム投資を要さずに対応できる方法として、中小規模の事業者を中心に選択されることが多いとされる。ただし、規程を整備するだけでなく、実際に規程どおりの運用（訂正・削除の履歴管理や承認フロー）が行われていることが前提になる点には留意が必要である。
検索要件と保存方法
電子取引データは、次の3つの要件を満たす形で検索できる状態にしておく必要があるとされる。
- 取引年月日その他の日付、取引金額、取引先を検索条件として設定できること
- 日付または金額に係る記録項目について、範囲を指定して検索できること
- 二以上の任意の記録項目を組み合わせて検索できること
もっとも、この検索要件については緩和措置が設けられており、判定期間における売上高が一定基準（5千万円以下とされる）以下の事業者や、電子取引データをプリントアウトした書面を取引年月日等の日付・取引先ごとに整理して提示・提出できるようにしている事業者については、税務調査等の際にデータのダウンロードの求めに応じることができるようにしていれば、検索要件そのものが不要になるとされる。
保存方法と要件の対応関係を整理すると、次のとおりである。
| 保存方法 | 真実性の確保 | 検索要件 | 主な対象事業者 |
|---|---|---|---|
| システムによるタイムスタンプ付与 | タイムスタンプの付与 | 原則必要 | 電子取引の件数が多い事業者 |
| 訂正削除履歴が残るシステムの利用 | システムの機能による担保 | 原則必要 | クラウド会計・EDIを利用する事業者 |
| 事務処理規程による対応 | 規程の整備・運用 | 原則必要（緩和措置の対象になり得る） | システム投資が難しい中小事業者 |
| 検索要件の緩和措置適用 | 上記いずれかで確保 | 売上高基準等を満たせば不要 | 小規模事業者、判定期間の売上高が基準以下の事業者 |
社内規程整備の実務手順
電子取引データ保存への対応は、システム導入の要否にかかわらず、社内規程の整備を伴う形で進めることが望ましい。実務上の手順としては、おおむね次の流れになる。
- 自社が行っている電子取引の種類（メール添付、EDI、クラウドサービス、ウェブダウンロード等）を部門横断で洗い出す
- 真実性の確保について、タイムスタンプ付与の仕組みを導入するか、事務処理規程による対応とするかを選択する
- 事務処理規程による対応を選ぶ場合、訂正・削除の禁止または承認フローを明記した規程を整備する
- 検索要件を満たすためのファイル命名規則（日付・金額・取引先を含める等）またはシステム上の索引簿の運用を定める
- 保存先（社内サーバー、クラウドストレージ等）とアクセス権限、保存期間（法人税法上の帳簿書類の保存期間に準じる取扱いが一般的とされる）を定める
- 経理部門だけでなく、営業・購買等、電子取引を行う可能性のある全部門に周知し、運用開始後も定期的に遵守状況を確認する
よくある失敗例
- メールに添付された請求書PDFを、担当者が個人のパソコンにダウンロードして保存するにとどまり、組織的に検索・共有できる保存場所に一元化されていない
- 事務処理規程を整備したものの、規程の内容が形式的なひな形のままで、実際の承認フローや保存先が規程に明記されておらず、運用実態と規程が乖離している
- クラウドサービス経由で受領した請求データについて、そのサービス上には保存されているが、自社が契約を解約した場合にデータを保全する手順を検討しておらず、退避のタイミングを逃す
- 検索要件の緩和措置（売上高基準）の対象になると判断して検索機能を整備しなかったが、判定期間の売上高を正確に確認しておらず、実際には基準を超えていた
- スキャナ保存と電子取引データ保存を混同し、紙で受領した請求書をスキャンしたデータと、最初から電子的に受領したデータを同じ運用フローで管理しようとして、要件の違いに対応できていない
よくある質問（FAQ）
Q1. 電子取引データを紙に出力して保存する運用は、一切認められなくなったのか。
令和5年度税制改正により、電子的に受領した取引情報を紙に出力して保存することに代える措置は原則として廃止されたとされるが、システム対応が困難な事情がある場合の猶予的な取扱いが設けられているとされる。自社の状況がどの取扱いに該当するかは、対応状況や取引規模に応じて個別に確認することが望ましい。
Q2. タイムスタンプの付与と事務処理規程による対応は、どちらを選ぶべきか。
いずれも真実性の確保要件を満たす方法として認められているが、取引件数が多く自動化が可能な環境であればタイムスタンプ付与や訂正削除履歴の残るシステムの活用が運用負荷を抑えやすく、取引件数が少なく個別対応が可能な環境であれば事務処理規程による対応でも実務上対応しやすいと考えられる。自社の取引量やシステム環境を踏まえて選択することが望ましい。
Q3. 検索要件の緩和措置が適用される場合、社内規程は不要になるか。
検索要件が不要になる場合であっても、真実性の確保要件（タイムスタンプ付与や事務処理規程による訂正削除の防止等）は別途満たす必要があるとされる。検索要件の緩和は保存要件の一部を軽減するものであり、電子取引データ保存の要件全体が不要になるわけではない点に留意が必要である。
まとめ
- 電子帳簿保存法は、電子帳簿等保存・スキャナ保存・電子取引データ保存の3区分から成り、このうち電子取引データ保存は義務適用とされる
- 電子取引データ保存では、真実性の確保（タイムスタンプ、訂正削除履歴、事務処理規程等）と検索要件（日付・金額・取引先での検索等）の両方を満たす必要がある
- 検索要件には売上高基準等による緩和措置が設けられているが、真実性の確保要件は別途満たす必要がある
- 事務処理規程による対応を選ぶ場合、規程を整備するだけでなく、規程どおりの運用実態を確保することが重要である
- 電子取引の洗い出しから保存先・権限・保存期間の設計まで、部門横断での棚卸しを行ったうえで社内規程を整備することが実務上の出発点になる
社内規程の整備には電子帳簿保存法対応保存規程が参考になる。
本記事は一般的な情報提供を目的として作成されたものであり、個別・具体的な法律相談に代わるものではありません。本記事の内容は執筆・更新時点の法令・裁判例等に基づいており、その後の法改正等により内容が現状と異なる場合があります。本記事の内容に基づいて行った行為の結果について、株式会社リーガリスト（以下「当社」）および監修者は一切の責任を負いかねます。個別の事案については、必ず弁護士等の専門家にご相談ください。
[要確認事項] - 検索要件の緩和措置における売上高基準（5千万円以下とされる数値）および書面での代替提示要件について、執筆時点の情報であり最新の公表内容を確認されたい - 電子取引データの保存期間について、法人税法上の帳簿書類の保存期間との関係を含め、監修者による確認が必要