事業譲渡と株式譲渡の違い｜スタートアップM&Aでの選択のポイント

スタートアップがM&Aによるexitを検討する際、あるいは大企業が新規事業や子会社を売却する際には、「株式譲渡」と「事業譲渡」のどちらのスキームを用いるかが最初の論点になることが多い。両者は経済的な効果として似た結果をもたらす場合があるが、法的な仕組み、必要な手続、税務上の取扱いは大きく異なる。本記事では、スタートアップのM&A実務を念頭に、両スキームの違いと選択の視点を整理する。

株式譲渡と事業譲渡の基本的な違い

株式譲渡は、対象会社の株主が保有する株式を買い手に譲渡する取引である。会社そのものの法人格や、会社が締結している契約関係、許認可、雇用契約などはそのまま存続し、株主だけが入れ替わる点が特徴である。

これに対して事業譲渡は、会社が保有する事業に関する資産・負債・契約上の地位・従業員などを、個別に買い手へ移転させる取引法上の行為である。会社そのものは売り手のもとに残り、事業の中身だけが移転する。

株式譲渡の手続

株式譲渡は、譲渡当事者間の株式譲渡契約の締結が中心となる。対象会社の株式が譲渡制限株式である場合（多くの非公開スタートアップがこれに該当する）、会社法上、譲渡による株式取得について会社の承認が必要になる。取締役会設置会社であれば取締役会の承認、取締役会非設置会社であれば株主総会の承認が原則として必要とされる（会社法136条、139条等）。

実務上は、以下のような手続を経ることが多い。

1. 譲渡承認請求（株主から会社への請求）
2. 取締役会または株主総会での承認決議
3. 株式譲渡契約の締結、対価の支払い
4. 株主名簿の名義書換
5. 必要に応じて株主名簿記載事項証明書の発行

このほか、投資契約や株主間契約において、既存株主の先買権や共同売却権（タグアロング）が定められている場合は、譲渡に先立ってこれらの手続を履践する必要がある点にも留意したい。

事業譲渡の手続

事業譲渡は、譲渡対象となる資産・契約・従業員等を個別に特定し、それぞれについて移転手続を行う必要がある。主な留意点は次のとおりである。

契約上の地位の移転には相手方の同意が必要になる場合が多い

事業譲渡では、取引先との契約、賃貸借契約、リース契約などについて、契約上の地位を買い手に移転させる必要がある。この契約上の地位の移転（債務引受を伴う場合を含む）には、原則として契約の相手方の個別の同意が必要になる場合が多い。取引先が多い事業では、この同意取得作業が実務上の大きな負担になることがある。

許認可の再取得が必要になる場合がある

事業の性質によっては、許認可が会社（法人）に対して付与されているため、事業譲渡によって事業主体が変わると、買い手が改めて許認可を取得し直す必要が生じる場合がある。許認可の取得には一定の期間を要することがあるため、スケジュールに与える影響を事前に確認しておく必要がある。

株主総会の特別決議が必要になる場合がある

会社法上、事業の全部の譲渡や、事業の重要な一部の譲渡に該当する場合には、株主総会の特別決議による承認が必要とされる（会社法467条、309条2項11号）。「事業の重要な一部」に該当するかどうかは、譲渡対象の資産額や事業への影響度合いなどを踏まえて個別に判断される事項であり、該当性の判断に迷う場合は弁護士等の専門家に確認することが望ましい。また、譲渡会社の総資産額に対する譲渡資産の割合が一定以下である場合には、株主総会決議が不要となる簡易な手続（会社法468条等）が用意されている点も一般的な整理として押さえておきたい。

税務上の違いの概観

株式譲渡と事業譲渡では、課税の構造が大きく異なる。詳細な税務処理は取引ごとに個別性が高いため、以下はあくまで一般的な概観であり、実際の案件では税理士への確認が不可欠である。

• 株式譲渡では、譲渡人（株主）に譲渡所得課税が生じるのが中心的な取扱いとなる。個人株主か法人株主かによって適用される税率や課税方式が異なる。
• 事業譲渡では、譲渡会社において資産ごとの譲渡損益を計算し、法人税の課税対象となる。加えて、譲渡対象資産の性質によっては消費税の課税対象になり得る点にも留意が必要である。
• のれん（営業権）の取扱いも、株式譲渡と事業譲渡とで会計上・税務上の処理が異なる場合がある。

このように、同じ経済的価値を移転する取引であっても、スキームの選択によって当事者双方の税負担が変わり得るため、M&Aの初期段階から税理士を交えて検討することが望ましいとされる。

どちらのスキームが選ばれやすいか

簿外債務の遮断という観点

買い手にとって、株式譲渡では対象会社に付随する簿外債務や偶発債務（訴訟リスク、未払残業代、税務否認リスクなど）もそのまま引き継ぐことになりやすい。これに対して事業譲渡では、移転対象の資産・契約を個別に特定するため、理論上は買いたい部分だけを取得し、簿外債務を遮断しやすいという特徴がある。この点から、対象会社に不透明なリスクがある場合には事業譲渡が選択されることがある。

手続の煩雑さというデメリット

一方で、事業譲渡は契約上の地位の移転についての個別同意取得や、許認可の再取得など、手続面での負担が大きくなりやすい。取引先や従業員の数が多い事業ほど、この負担は大きくなる傾向がある。株式譲渡であれば、会社そのものが存続するため、契約関係や許認可を個別に洗い替える必要は原則として生じにくい。

スタートアップのexitとカーブアウトの実務

スタートアップのexitでは、会社全体を売却する場合は株式譲渡が用いられることが多い。買い手にとっても、事業全体を包括的に取得でき、手続がシンプルになりやすいためである。他方で、複数事業を運営するスタートアップが特定の事業セグメントのみを売却する、いわゆるカーブアウトの場面では、当該事業に関する資産・契約・従業員のみを切り出す必要があるため、事業譲渡が用いられる場合がある。

いずれのスキームを選択するかは、対象事業の性質、買い手の意向、想定される税負担、デューデリジェンスで判明したリスクなどを総合的に踏まえて決定される。M&Aの初期段階での基本合意書（LOI）の締結時点から、スキームの方向性についてある程度の見通しを立てておくことが望ましい。

よくある質問（FAQ）

Q1. 株式譲渡と事業譲渡は同時に検討できますか。

案件の初期段階では、両方のスキームを比較しながら検討することが一般的である。デューデリジェンスの結果によっては、当初想定していたスキームから変更されることもある。基本合意書の段階でスキームを確定的に決め切らず、一定の見直しの余地を残しておく設計も実務上は見られる。

Q2. 事業譲渡で従業員を引き継ぐ場合、どのような手続が必要ですか。

事業譲渡は会社分割とは異なり、労働契約承継法のような包括的な承継の仕組みが用意されていないため、従業員との労働契約を移転するには、原則として当該従業員の個別の同意を得たうえで、転籍出向や新規の雇用契約締結といった形で対応する必要があると考えられる。労働条件の変更を伴う場合は特に丁寧な説明と同意取得が求められるため、労務に詳しい弁護士や社会保険労務士に相談しながら進めることが望ましい。

Q3. 株式譲渡であれば簿外債務のリスクは考えなくてよいですか。

株式譲渡では会社そのものを取得するため、対象会社に簿外債務や偶発債務があれば、買い手はそれらもあわせて引き継ぐことになると考えられる。このリスクを軽減するため、実務ではデューデリジェンスの実施に加え、株式譲渡契約における表明保証条項や補償条項を設けることが一般的である。簿外債務のリスクをゼロにできるとは限らないため、契約条項の設計について弁護士に確認することが望ましい。

まとめ

• 株式譲渡は会社の法人格・契約関係を維持したまま株主が入れ替わる取引であり、事業譲渡は資産・契約・従業員等を個別に移転させる取引である
• 譲渡制限株式の株式譲渡には取締役会または株主総会の承認が必要になる場合が多い
• 事業譲渡では契約上の地位の移転に相手方の個別同意が必要になる場合が多く、許認可の再取得が必要になることもある
• 事業の重要な一部の譲渡に該当する場合、株主総会の特別決議が必要になり得る（会社法467条、468条等）
• 税務上の取扱いはスキームによって大きく異なるため、税理士への確認が不可欠である
• スタートアップのexitでは株式譲渡が、事業の一部売却（カーブアウト）では事業譲渡が用いられる傾向がある

実際にM&Aを進める際は、M&A基本合意書テンプレート、株式譲渡の承認手続に用いる株式譲渡承認通知書テンプレート、事業譲渡を決議する際の株主総会議事録（事業譲渡）テンプレートなどを、案件の進行段階に応じて確認するとよい。

本記事は一般的な情報提供を目的として作成されたものであり、個別・具体的な法律相談に代わるものではありません。本記事の内容は執筆・更新時点の法令・裁判例等に基づいており、その後の法改正等により内容が現状と異なる場合があります。本記事の内容に基づいて行った行為の結果について、株式会社リーガリスト（以下「当社」）および監修者は一切の責任を負いかねます。個別の事案については、必ず弁護士等の専門家にご相談ください。

[要確認事項] - 会社法467条・468条・309条2項11号の該当性判断の記載について、最新の実務運用を踏まえた監修者確認が必要。 - 株式譲渡・事業譲渡の税務上の取扱いに関する記載は一般論にとどまるため、税理士監修者による確認が必要。